לומר את הפיוטים המיוחדים קודם נשמת וישתבח, ובשמיני עצרת אומרים תפלת הגשם לפני תפלת מוסף אחרי הקדיש דוקא. גם אחרי שנים רבות למרות שכל אנשי קהילת הספרדים נתמזגו עם תושבי דמשק הותיקים, נשמרו מנהגים מיוחדים אלו בקפדנות על ידי גדולי הרבנים מפני כבודם של החכמים הראשונים, וכמו שהעיד רבי יוסף מסלתון טראב על גדול רבני דורו מעלת הדיין המצויין רבי אהרו יעקב בנימין (בוגדאדי) שהיה עומד ומזהיר על כך בתוקף. ועד הדור שעבר היה זקן הרבנים חכם נסים נדבו מלמד את המתפללים לא לשנות מנהגי המקום שלא יבא עליהם צרה ח"ו.
בארונות הבנויים בקירות נשמרו מדורות "כתרים" (הם ארבעה ועשרים ספרי התנ"ך) עתיקים מאד שהביאו עמם מייסדי המקום. ספרי תורות עתיקים שאינן עוד בשימוש מוצגים בארונות זכוכית, ובחלקם ציורים מיוחדים קבועים בנרתיק הספרים בצד הפנימי, כמו ציור מערכת הספירות הקדושות כפי המובא בספרי המקובלים הראשונים, וציור סדר שמות הקודש הידוע בכתבי רבינו האר"י ז"ל ב"כונת המרכבה". לצד ארונות אלו מצוייות ספריות המכילות מאות ספרי לימוד ישנים שאינן מצויים עוד, והם בעלי ערך רב.
במרוצת השנים חודש בנין הבית כמה פעמים כמו שמעידים כיתובי ההקדשות מתקופות שונות. בתוך החצר מעל שער הכניסה חרוט על אבן פסוק "ואני ברב חסדך אבוא ביתך אשתחוה אל היכל קדשך ויראתך" ותאריך ההקדש בשנת "שבתי בבית ה' כל ימי חיי לחזות בנועם ה' ולבקר בהיכלו" לפ"ג (שנת תר"י 1850). בנין ההיכל המפואר הוקדש על ידי "האשה רבה מרת שרה די פרחי תבורך מנשים", כנראה באותה תקופה.
בשנים האחרונות שוב שופץ הבנין העתיק, ולמרות שהשתדלו לא לבטל לגמרי את סגנון הבניה, אך נעשו בו כמה שינויים, ולא ניתן היום לזהות פרטי הבניה הקודמת, וכן העיטורים על טסי נחושת החדשים לא בהכרח הותאמו למה שהיה קודם לכן. לדוגמא, חשוב לציין שגם בבית כנסת זה בנין התיבה בה עומד החזן היה עם שבע מדרגות (כמנהג המקובלים), כמו בשאר בתי כנסיות העתיקים בעיר, והתיבה העומדת שם היום אינה בתבנית המקורית.
דלת הכניסה לחצר בית הכנסת היא בסוף מעבר צר (כ30 מטר) אליו אפשר להגיע או מהרחוב הראשי (שבו היה "מדרש אלחארא" מקום בית הדין המפורסם של רבי אהרן יעקב בנימין ע"ה), או דרך "סקק אלאדייק" (s'a Eladiie) בין חצרות הבתים עד הדלת הפתוח באמצע המעבר הזה בצד ימין.
במעבר זה בצד שמאל יש שני דלתות והם כניסה למחסן של החברא קדישא, שם שמורים הארונות שבהם מוליכים את הנפטרים, תכריכים ושאר דברים לצרכי הקבורה. בסוף המעבר גרו משפחת זיתוני סלמון, ועד היום זוכרים בני משפחה זו שבילדותם היו עוברים במעבר זה עד לביתם רק בריצה בלי להסתכל בדלתות מחסני החברא.
בכניסה לשטח בית הכנסת יש חצר גדולה מוקפת בעצי פרי שונים ובמרכזה מזרקת מים. בצד שמאל דלתות הכניסה לאולם, שתי דלתות בעץ מעוצב, מעבר צר, ולאחריהם עוד שתי דלתות מעוצבות בטסי נחושת שחודשו בתקופה האחרונה. בדלת הימנית - צורת המנורה, ובדלת השמאלית - צורת הלוחות וכתר תורה ובהם עשרת הדברות, תחתיהם פסוק "ואני ברב חסדך", ובצד התחתון סמלי שבטי ישראל. בקיר הפנימי מעל דלת הכניסה כתוב על טס נחושת "ברוך אתה בבואך וברוך אתה בצאתך".
בנין ההיכל עצמו נשאר בסגנון העתיק המקורי ולא נעשו בו שינויים, באבן המגולפת הקבועה מעל ההיכל כתוב "שויתי ה' לנגדי תמיד" "נשבעה בטוב ביתך קדוש היכלך". הארונות הקבועים בקירות בשני צידי ההיכל צופו מחדש בטסי נחושת, ובחלק העליון כתוב "כי לקח טוב נתתי לכם תורתי אל תעזובו" ו"עץ חיים היא למחזיקים בה ותומכיה מאושר" (בצד ימין), "כי עמך מקור חיים באורך נראה אור" "ואתם הדבקים בה' אלקיכם חיים כלכם היום" (בצד שמאל). בשאר הארונות עבודות נחושת דומות, עם פסוקים או מאמרים, וציורים המאפיינים את מועדי השנה.
בין התורמים לחידוש בדק הבית: ה"ה יוסף כליל ג'אג'אתי. והקדשות לע"נ אברהם דוד חנונו (תשמ"ה), יצחק הכהן כליפה פריווה (תשל"ג) ואשתו בדיעה מוצלי (תשל"ד), ולע"נ הנכבד הנפטר בקיצור שנים המנוח מרדכי בן משה חאשר בלאס (תשמ"ה).
