בן ר' משה, ונכדו של הראשון לציון הגאון רבי חיים נסים אבולעפיא ז"ל המכונה הרב חנ"א. נולד בדמשק בשנת תק"ץ.
כבר בשחר ילדותו גילה הנער כשרונות רבים, וסבו הגדול שלח להביאו אליו לעיר טבריה, ושם בצל חכמתו ישב והגה בתורה יומם ולילה עד שמילא כריסו בש"ס ופוסקים, וכבר בהיותו בן י"ח שנה תפס מקום נכבד בין חכמי העיר אשר הכירו את שיעור קומתו וגאונותו. הוא החשיב את סבו הרב חנ"א כרבו המובהק.
נתבקש ע"י ראשי הקהילות בטבריה וצפת לצאת בשליחותייהו דרבנן לגייס עבור תושבי העיר העניים כספי תמיכה. בענות חן נענה לבקשתם פעמיים, בשנת תרי"ז והוא רק בן כ"ז שנה, ושוב בשנת תרכ"ב, הלך במסעותיו לערי אפריקה תונס אלג'יר טריפולי ועוד. בכל המקומות קבלוהו בכבוד גדול, ואף נדרש לפסוק בשאלות רבות הלכה למעשה, ולתת הסכמתו על ספרים.
בשנת תרכ"ג ישב עם גדולי רבני דמשק על מדין וכתב פסק משותף עם זקני הדיינים רבי חיים רומאנו ורבי אהרן יעקב בנימין ונדפס בשו"ת פני יצחק (ח"א יו"ד סימן ט'). אם כי לא כתוב שם תאריך עריכת התשובה יש להעריך שהיתה בסביבות השנה הנזכרת שכן תשובת רבני ירושלים בשו"ת נדיב לב (חו"מ סימן ס"ג) על אותו ענין נכתבה בשנת תרכ"ג, ושם מופיע תשובת רבי חיים רומאנו על דבריהם, והוא נפטר בשנת תרכ"ד.
ראש הדיינים הקשיש רבי חיים רומאנו גילה כלפיו חיבה יתירה והערכה רבה, וכך כותב לו בתשובה שנדפסה בשו"ת פני יצחק (ח"א אהע"ז דף קכ"ו ע"ד): טובינא דחכימי מרגליתא דלית בה טימי, גם בן ואח הוא לי, עמיתי בתורה, רב אחאי ורב רחומאי, בר אבהן ובר אוריין, מעלת הרב המובהק מאיר כברק רב משרשיא וכו'.
בשנת תרכ"ט חתם יחד עם כל רבני העיר על הסכמת הספר "כנסיה לשם שמים" שחיבר רבי מנשה סתהון ע"ה לעקור ולשרש מעשה כשפים והקטרות למיניהם שהיו נוהגות הנשים לעשות באותם הימים לצורך רפואת חולים וכיוצא.
בשנת תרל"א הדפיס את החלק הראשון מספרו שו"ת "פני יצחק" בהסכמת זקני דייני דמשק רבי אהרן יעקב בינמין ורבי יעקב פרץ ע"ה, ושאר גדולי הדור שהרבו לדבר בשבחו.
אחרי פטירת רבי אהרן יעקב בנימין ע"ה בשנת תרל"ג נתמנה לאב"ד בעיר. הוא נהג רבנותו ביד רמה ולא נשא פני איש, לא פעם ביטל בחריפותו פסקי דין של רבני העיר אשר לא הוטבו בעיניו. אחד מרבני זמנו שאר בשרו הרב שמ"ח גאגין תקף אותו רבות בספרו "ישמח לב", וכנגדו כתב רבי יצחק ספר "לב נשבר" ליישב כל השגותיו. ביושבו בבית הדין היתה אוירה של מורא ופחד, עד שהיו הבאים נמנעים מלהסתכל בפניו באותה שעה. חכם יוסף דאנה ע"ה סיפר כי פעם אחת ביקש איש אחד ממשפחת פסיתק עבאדי להגדיל ארובה בכותל המפריד בינו לבין שכנו, והלה תבע אותו לדין בבית דינו של רבי יצחק, והוא פסק שאסור לו לעשות כן משום "היזק ראייה". אך בהשפעת הקבלן שהיה מקורב לקונסול אירן בדמשק, איש זה סירב לקבל את פסק הדין בחשבו שאין לרב יכולת לעכב אותו. רבי יצחק אמר לו בתקיפות: דבר זה אסור על פי הדין, אם תשמע לי, טוב. ואם לאו, מובטחני ברבותינו שאסרו לעשות זאת, ופי כפיהם, והוראתי כהוראתם. וגזר עליו חרם, ואם יעמוד בסירובו לא ישלים שנתו. לא עברה מחצית השעה עד שהתחיל האיש לדמם מפיו ומחוטמו בלי הפסקה. אשתו, שהיתה בת ממשפחת רבנים מפורסמת, פחדה מאד ואמרה לו: אני יודעת שאם החכם גוזר הקפדתו תעניש אותך. ומיד שלחה את בנה להודיע לחכם שהם מקבלים על עצמם להפסיק את הבנייה ולבקש ממנו שימחול לאביו ויברך אותו. אך רבי יצחק לא נענה לבקשתו, ואמר לו שלא ימחול עד שהאב יבא אליו בעצמו. בשארית כוחותיו הגיע האב אל החכם, אך לא יכל להוציא הגה מפיו בגלל רבוי הדם שהיה שותת בלי הפסקה. שאל אותו רבי יצחק: האם אתה מקבל את פסק הדין? וענה לו אני מסכים רק תתפלל עלי שיסור ממני מכת הדם. אמר לו רבי יצחק: אם קבלת עליך דברי תורה ודברי, ברוך המקיים דברי חכמים! ותיכף קרא עליו פסוקי התורה: ועבדתם את ה' אלהיכם ובירך את לחמך ואת מימיך, והסירותי מחלה מקרבך". "והיה אם שמוע תשמע בקול ה' אלהיך והישר בעיניו תעשה והאזנת למצותיו ושמרת כל חוקיו, כל המחלה אשר שמתי במצרים לא אשים עליך כי אני ה' רופאך", ובכללם היתה מכת דם שדבקה בך, ועכשיו שקבלת עליך את פסק דין התורה, תתרפא ממנה מיד.
בלי שהיות חזר האיש וסתם את הפרצה בכותל, ומיד נתרפא. ומאותו היום עזב את כל עסקיו, והיה שוהה בקביעות בבית דינו של רבי יצחק לראות את הדיונים ופסקי הרב, ולמרות שהיה איש עשיר ומכובד, היה עומד ומשרת אותו. רבי יצחק היה אציל נפש ועדין מאד, פניו המאירים כתואר מלאך. בראש השנה וביום הכפורים היה לובש בגדי לבן מכף רגל ועד ראש, והיו כל הגוים עומדים בצידי הדרכים וממתינים בהכנעה לבקש ברכתו. בשבתות הידועים בשנה, שבת זכור שבת הגדול ושבת תשובה, היה דורש במקהלות עם בענינא דיומא, והיה מעורר את הצבור לתשובה, ומדגיש במיוחד חובת לימוד התורה. חלק מדרשות אלו הדפיס בספרו שו"ת פני יצחק בסוף חלק ו'. עוד דרשות רבות והספדים נמצאים ברשותנו בכתב ידו, וטרם נדפסו. צרכי צאן מרעיתו עמדו נגד עיניו תמיד, ועשה ככל אשר לאל ידו לרווחתם. אפס קצהו נחרת לזכרון אצל זקני העדה במעשה שהיה ימים ספורים לפני חג הפסח החליטו הקצבים להעלות את מחיר הבשר, רבים מבני העיר העניים בראותם שלא יהיה יכולת בידם לקנות בשר לכבוד החג פנו אל רבי יצחק, והוא גזר שעל הקצבים להפחית את מחיר הבשר יותר מכל השנה לעזור לעניים, ולעומתו הקצבים סרבו להענות לבקשתו ודרשו מחיר גבוה במיוחד. כששמע רבי יצחק אמר בהקפדה שאם ראש הקצבים לא יוריד את מחיר הבשר כבקשתו "יצטרך להתגלגל ולבא אלי". וככל שיצא מפה קדוש כך היה, ואחר שעה קלה נתקף ראש הקצבים בכאבים עזים עד שנפל ארצה ומרוב הכאב נתגלגל ממקום למקום עד שהגיע לפתח ביתו, אז כרע ברך לפני הרב ואחר בקשת הסליחה התחנן על נפשו שיסיר מעליו את המות הזה.
עמדותיו החד משמעיות ללא משוא פנים, והתייחסותו לכל אנשי העדה בשווה, כקטון כגדול, לא נעמו לכמה מראשי הקהל שבקשו לעצמם יחס מתרפס, ולכן נתארגנו כמה בעלי השפעה ושלחו בקשה אל ראשי הממשל העותומני שימנו חכם באשי מטעמם בדמשק. ובשנת תרנ"ז קיבל הגאון רבי שלמה אליעזר אלפנדרי, הנודע בתואר "הסבא קדישא", מינוי רשמי מטעם הממשלה כחכם באשי של דמשק, והחזיק במשרה זו עד שנת תרס"ג. ידידי הרב אלפנדרי השתדלו מאד למנוע נסיעתו לדמשק, ואמרו לו כי רבי יצחק אבולעפיא הוא גברא רבא ותקיף מאד בעמדותיו, ולא יסכים לשתף אתו פעולה. אבל הסבא קדישא מיאן ואמר להם "אדרבה, אם הוא גדול אז עלי ללכת ללמוד מדרכיו". עצת ראשי הקהל נכשלה, ושני גדולים אלו נקשרו בעבותות אהבה והעריכו מאד זה את זה. היו כותבים פסקי הלכות בתשובות ערוכות ומחליפים ביניהם להשוות דעותיהם, ומפליגים בכתיבת תוארי כבוד ושבח זה לזה. מקצתם נדפסו בשו"ת הסבא קדישא (ח"ב יו"ד סימן ט"ז י"ז, ואהע"ז סימן כ"ה). לימים חלה רבי יצחק במחלה קשה, מבלי יכולת לזוז או לדבר, והרופאים אמרו נואש לחייו. הסבא קדישא הלך לבקר אותו על ערש דוי, ולחש לו באזנו: חכם יצחק, הנני מבטיחך שתקום ותבריא לגמרי מחולי זה בתנאי שתאמין בכח הבטחתי. רבי יצחק פתח עיניו וענה אמן. וכדבריו כך היה, רבי יצחק הבריא ושב לאיתנו. אחרי שבוע, אחד האנשים שנכחו באותו מעמד נפל למשכב ונפטר בפתאומיות, ויצאו רבי יצחק והסבא קדישא ללוויה. בלכתם יחד רבי יצחק סיפר לו שבעת שהבטחת לי שיהיה לי רפואה שלימה הנפטר הזה עמד לידך וזלזל בדבריך כי איך אפשר שאדם הנוטה למות יקום ויבריא, ועכשיו זה קם וזה נפל במקומו. הסבא קדישא שמע וביקש ממנו לשמור את הדבר בסוד ולא לגלותו.
בנה את ביתו עם האשה הצדקת מרת אסתר לבית מראג'י, היא עמדה לימינו ימים ולילות למען יעסוק בתורתו, והגדילה לעשות במכירת מתכשיטיה ובגדיה לתשלום הדפסת ספרי בעלה. כבוד גדול עשו לה בפטירתה. וכך כתב רבי עזרא מסלתון טראב (מח"ס שערי עזרא ומילי דעזרא) בהספד שנשא וז"ל: ידוע ומפורסם הענין גודל החיוב המוטל על כל אחד ואחד מישראל להצטער ולבכות במיתתן של צדיקים, ובין אנשים צדיקים ובין נשים צדקניות הם שוים בדבר זה. ובפרט בנידון כזה בפטירת הרבנית הצדקת הזאת נעמי, נעימה במעשיה היא אסתר שרביטו של מלך אשר אנחנו [עוסקים] בכבודה, דיש לנו להצטער במיתתה מתרי טעמי תריצי דאית בה תרתי לריעותא, הן מצדה מצד חסרונה משום יקרא דידה כי היא ראויה לכל כבוד בחיים ולאחר מיתה. והן מצד הצער המגיע לראשו של צדיק, נודע בשערים בעלה, הוא המאור הגדול מבצר עוז ומגדול, צביונן של ישראל, ראש גולת אריאל דיתיב בי מרזיחא ועולם חשך בעדו חשיכה גדולה כאישון לילה ואפילה. כאשר חכמים הגידו שצרתן של התלמידי חכמים היא מוטלת על כל ישראל, ובפרט כשהצער הוא מגיע לארי הגדול פאר הדור והדרו, רב תנא, בודאי הגמור דהצער הוא לכל ישראל, וכל בית ישראל יבכו. (מתוך כתב ידו).
נמצא תחת ידינו פנקס כת"י בו רשומים שמות כל התינוקות שנימולו בדמשק משנת תרי"ז על ידי חכם בכור יהודה מהדיב ע"ה, ושם נמצא בתאריך כ"ב אדר א' שנת תרכ"ב "בן ח"ר יצחק אבו אלעפיא, שמו חיים נסים". יש לשער שהיה זה בנו הראשון, ולא קרא אותו כמנהגינו בשם אביו משה מפני הסיבה הידועה מאירועי עלילת הדם שהיתה בשנת ת"ר, וקרא אותו על שם סבו הגדול הראשון לציון שנפטר בירושלים בשנת תרכ"א. אך כנראה תינוק זה נפטר. ומאז השתוקק מאד לזכות לבנים זכרים וכמו שחקק בקשתו בשער ספרו הראשון, ויתירה מזו בחלק השני (אהע"ז דף מ"ו ע"ג) אחרי שכתב פסק להתיר עגונא סיים וז"ל: וכל המרבה להפך בזכותם ולהתירם ממאסרם ה"ז משובח, ותחשב לו לצדקה, ויכולה מצוה זו שתגן עליו להצילו מכל צרה וכו', הם הרהיבוני וממחיצתי הוציאוני לשוטט ולצדד כמה צדדים בהיתר עגונה זאת דנ"ד אולי בשכר זאת יזכני ה' להבנות בבנים זכרים זרע של קיימא. אך משאלת לבו לא נתמלאה, ובדמשק נהגו רבים ממוקירי זכרו ביום השני של פורים, יום פטירתו, לקרוא באדרא קדישא ולומר עליו קדיש לעילוי נשמתו. רק בת אחת נולדה לו ונקראה בשם בוליסא נחמה, והשיאה לגביר חיים משה לנייאדו שתמך בו בהוצאת שלשה חלקים מספריו, והיה מחבב אותו מאד. זקני דמשק מספרים על חיבור שכתב רבי יצחק לצורך השעה, בו הוא הראה מקום לכל פסקאות הקוראן המוסלמי איך הם נלקחו מתוך כתבי הקודש הארבעה ועשרים, ואין בהם שום חדש. חיבור זה היה טמון בבית מדרשו, ואחר פטירתו נשמרו ע"י תלמידו שהוסמך על ידו להוראה, ה"ה חכם נסים הכהן נדבו ע"ה. בסוף ימיו של חכם נסים ע"ה, בהיותו כבר זקן מופלג, הגיע אליו אדם אחד וביקש לעיין בספר הזה, ובערמה העלים אותו ממנו, והוא מכר אותו לערבי אחד בכסף רב. אך לא עברו מספר ימים ויהודי זה נפל במדרגות ביתו, שבר גולגלתו, ושבק חיים.
אוצר הספרים המיוחד שהיה לרבי יצחק ע"ה נתפזר, חלק נשאר ברשות חכמי משפחת מסלתון טראב, וחלק הגיע לבירות והוא נשמר עד היום בידים הנאמנות של ר' אליהו זיתוני כאביה הי"ו בבית מדרשו בעיר חולון בארץ ישראל. כמנהג חכמי דמשק היה נוהג לרשום שמו בתוך כל ספר בדף ח"י. רבי יצחק נפטר ט"ז אדר ב' שנת עת"ר, ונקבר בטבריא. לא ברור אם נסע לשם סמוך לפטירתו, או נפטר בדמשק ונקבר בטבריא מקום קבורת זקיניו ע"פ צוואתו. מפי הזקנים שמעתי שחכם נסים הכהן נדבו ע"ה עמד לידו בעת פטירתו.
וזה נוסח המצבה: פה נגנז ארון האלהים דרופתקא דאורייתא ריש גלותא מעלת ותהלת הרב הגאון המפורסם המחבר ספרי פני יצחק ו' חלקים כקש"ת כמוהר"ר יצחק משה אבולעפיא זצוקללה"ה וזיע"א עלה לשמים ביום ט"ו אדר שני שנת העת"ר נורא ואיום לפר"ג תנצב"ה
