נולד בדמשק בשנת תרכ"ג. כפי הנראה הוא נכד לרבי מנחם מערבי ע"ה החתום בהסכמת רבני דמשק בסוף ספר "כנסיה לשם שמים" של רבי מנשה סתהון ע"ה, והוא נקרא על שמו, ורק מאוחר יותר הוסיפו לו שם "רפאל" כי היה מדוכה ביסורין.
הוא נמנה בין חכמי ורבני העיר. היה נושא ונותן בדברי תורה עם רבי נתנאל חבובא ע"ה.
שאיפתו לעלות לארץ ישראל נתמלאה בערך בשנת תרפ"ג בה עלה לירושלים יחד עם בן אחיו רבי אליהו מערבי.
בשבתו בעיר הקודש נחשב כרבם של עדת יוצאי דמשק בעיר. גם נמנה בין החכמים בישיבת המקובלים "רחובות הנהר" בראשות גדול דורו רבי חיים שאול דוויך הכהן ע"ה.
בחדש כסלו שנת תרפ"ו חתם יחד עם שאר חכמי דמשק ואר"ץ שהיו בירושלים על אזהרה גלויה לכל העם לבל יקחו חלק בבחירות לאסיפת הנבחרים בישוב כיון שמשותפים בהנהגה אנשים פורקי עול תורה ומחללי שבת בפרהסיא.
חתימת רבי רפאל מנחם מערבי
יחד עם בן אחיו השתדל להדפיס ספרו של רבי יעקב הכהן מסלתון טראב ע"ה אב"ד בירות.
נפטר כ"ג טבת תרצ"ג ונטמן בהר הזיתים בירושלים, וזה נוסח המצבה:
פה נגנז ארון הקודש הישיש הזקן המדוכה ביסורין הרב המקובל רבי רפאל מנחם מערבי.
